主要利用mummer和NgenomeSyn进行，可以同时绘制多个基因组

首先准备基因组文件（fasta）用于比对
使用mummer4.0进行比对操作，mummer的配置参见https://github.com/mummer4/mummer。这一步需要染色体水平的基因组，最好删掉没有挂载到染色体上的scaffold。

mummer是一个整合包，主要的比对工具是nucmer

nucmer --mum --mincluster 500 -t 2 $reference.fasta $query.fasta -p $prefix

fasta在比对的时候有顺序，第一个参数被称为reference基因组，第二个参数被称为query基因组。-t参数代表线程数，-p代表输出文件的前缀。默认的输出文件为delta格式，如果不指定-p参数，输出文件名为out.delta.

得到比对文件后进行过滤：

delta-filter -1 -i 90 -l 10000 $prefix.delta > $prefix.delta.filter

这步过滤掉小于10k，相似性小于90%的共线性块，-1是只要最佳比对结果，一对一。

show-coords -THrd $prefix.delta.filter > $prefix.coords

将二进制的不可读文件转换为可读的文本文件。-THrd是去掉表头，方便后面的共线性格式调整。

共线性文件制作：

cat $prefix.coords | awk '{OFS="\t";print $10,$1,$2,$11,$3,$4}' > $prefix.syn

染色体长度文件制作，首先用samtools对基因组创建索引：

samtools faidx $fasta cat $fasta.fai | awk '{OFS="\t"; print $1,1,$2}' > $fasta.len

最后一步，准备共线性绘图的配置文件 in.cofi:
比如说，我们有五个基因组，名字分别是1.fasta 2.fasta 3.fasta 4.fasta 5.fasta。我们只需要做1.fasta 2.fasta的比对，2.fasta 3.fasta的比对，3.fasta 4.fasta的比对，4.fasta 5.fasta的比对即可绘制共线性图（假设基因组有n个，需要进行n-1次比对）。1.fasta与2.fasta比对的共线性文件命名为1_2.syn，以此类推。

示例的配置文件如下：

GenomeInfoFile1=1.fasta.len GenomeInfoFile2=2.fasta.len GenomeInfoFile3=3.fasta.len GenomeInfoFile4=4.fasta.len GenomeInfoFile5=5.fasta.len linkFileRef1VsRef2=1_2.syn linkFileRef2VsRef3=2_3.syn linkFileRef3VsRef4=3_4.syn linkFileRef4VsRef5=4_5.syn

准备好配置文件后，运行：

NGenomeSyn -InConf in.cofi -OutPut $prefix

$prefix.svg即为结果。